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les résumés de mes stages

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les résumé des publications auxquelles j'ai participé (en anglais)

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une version pdf téléchargeable de mes mémoires de stages, pour ceux dont le contenu n'est pas confidentiel.

Laboratoire de Systématique Evolutive (Faculté de Saint Charles - Marseille)

Centranthus ruber est une plante très commune dans la région de Marseille ainsi que dans presque tout le pourtour méditerranéen. Cette espèce présente une polychromie au niveau de la corolle. En effet 4 couleurs de corolle ont été décrites : rose, rouge, violet et blanc ; la couleur rose étant prédominante dans presque toutes les populations alors que les trois autres se retrouvent en proportion variable suivant le site. Le but de ces travaux est de savoir si ces caractères sont liés à un message génétique. Nous avons donc entrepris une étude, par électrophorèse, du polymorphisme enzymatique de cette espèce. Les résultats obtenus montrent que tous les systèmes enzymatique étudiés ici sont monomorphes. L'utilisation d'autres conditions d'électrophorèse pourrait permettre la mise en évidence d'un polymorphisme.

CIRAD Phytrop (Montpellier)

Les cercosporioses du bananier sont dues à deux champignons ascomycètes, Mycosphaerella fijiensis et M. musicola. Leur étude a abouti à l'isolement de nombreuses autres espèces associées. Ces travaux ont été entrepris pour caractériser ce complexe d'espèces fongiques Mycosphaerella spp. associé aux bananiers. Nous avons réalisé une description morphologique de la phase imparfaite de ces champignons (phase conidienne) ainsi qu'un test de l'effet de la température sur la germination de ces conidies. Un test de pathogénicité en conditions contrôlées sur plantes entières et sur disques foliaires maintenus en survie a aussi été réalisé. Ces travaux ont été complétés par une étude moléculaire basée sur l'amplification de fragments d'ADN dans la zone des ITS et des microsatellites. Les études morphologiques ont permis de décrire les conidies du groupe défini par son profil ITS-H7 non décrit jusqu'à présent. Le test de température sur la germination a permis de faire ressortir 3 groupes dont les optimums de germination diffèrent de quelques degrés. Les tests de pathogénicité ont permis de déceler des différences de temps d'incubation entre les différentes espèces. Les études moléculaires ont montré la difficulté de mettre au point un diagnostic par amplification des ITS mais laisse un espoir pour l'élaboration d'un diagnostic basé sur les microsatellites. Il ressort de ces travaux que, pour mieux connaître ce complexe d'espèces, il faut augmenter la taille des échantillons à tester.

La lutte contre la pyriculariose, maladie fongique majeure du riz, est réalisée en grande partie par l'utilisation de variétés résistantes. Toutefois, de très nombreux cas de faillite de résistance ont été observés. De plus, la résistance des variétés est généralement surmontée en 2 è 3 ans. Une relation de type gène pour gène a pu être démontrée pour le couple riz / Magnaporthe grisea et le gène d'avirulence ACE1 de M. grisea a récemment été cloné. Afin de mieux caractériser l'interaction hôte / pathogène, un travail de clonage par marche chromosomique a été entrepris pour le gène de résistance correspondant : Pi-11(t). Bien que des marqueurs moléculaires proches de Pi-11(t) ont été identifiés, l'obtention de marqueurs supplémentaires plus proche est nécessaire. Nous avons donc entrepris la recherche de ces marqueurs par l'utilisation de la technique AFLP. Par ailleurs, dans la perspective de se servir des marqueurs pour faciliter la sélection de Pi-11(t), nous avons voulu savoir si les marqueurs déjà disponibles permettaient de détecter le gène dans différentes variétés. En utilisant ces mêmes marqueurs nous avons tenté d'identifier Pi-11(t) dans l'arbre généalogique de la variété résistante IR64.

La biodiversité a longtemps été observée uniquement du point de vue du nombre d'espèces présentes dans un biotope et de leurs fréquences relatives. Depuis 1995, les travaux de Warwick et Clarke (Warwick et Clarke, 1995, 1997 ; Clarke et Warwick, 1997, 2001) ont introduit une nouvelle dimension, la distance taxinomique. Ces travaux ont permis le développement de quatre indices de diversité taxinomique. Les deux derniers de ces indices, Delta+ (Average Taxonomic Distinctness) et Lambda+ (Variation in Taxonomic Distinctness) ont même abandonné la composante « fréquence relative » et permettent de ne travailler qu'en termes de présence / absence. Ces indices sont décrits comme étant (i) bien discriminants entre des peuplements différents et (ii) indépendants de l'effort d'échantillonnage. Notre travail a donc consisté, à travers un jeu de données de macrophytes marines de quatre lagunes du sud de la France, à calculer les deux derniers indices de diversité taxinomique de Warwick et Clarke puis à les tester par randomisation. Nous avons ainsi pu observer leurs réactions sur chacune des lagunes ainsi que leurs variations lors de simulations sur des échantillonnages de différentes tailles. (i) Delta+ nous a permis de faire ressortir une forte diversité pour la lagune de Bages-Sigean une faible pression anthropique. Lambda+ montre quant à lui une complexité significativement forte dans l'étang de Thau soumis à une importation massive de macrophytes due aux activités aquacoles. (ii) Enfin, à travers des simulations, ces deux indices se sont révélés réellement indépendants de l'effort d'échantillonnage c'est à dire du nombre d'espèces recensées.

Rice blast disease is a major constraint for rice breeding. Nevertheless, the genetic basis of resistance remains poorly understood for most rice varieties, and new resistance genes remain to be identified. We identified the resistance gene corresponding to the cloned avirulence gene ACE1 using pairs of isogenic strains of Magnaporthe grisea differing only by their ACE1 allele. This resistance gene was mapped on the short arm of rice chromosome 8 using progenies from the crosses IR64 (resistant) × Azucena (susceptible) and Azucena × Bala (resistant). The isogenic strains also permitted the detection of this resistance gene in several rice varieties, including the differential isogenic line C101LAC. Allelism tests permitted us to distinguish this gene from two other resistance genes [Pi11 and Pi-29(t)] that are present on the short arm of chromosome 8. Segregation analysis in F2 populations was in agreement with the existence of a single dominant gene, designated as Pi33. Finally, Pi33 was finely mapped between two molecular markers of the rice genetic map that are separated by a distance of 1.6 cM. Detection of Pi33 in different semi-dwarf indica varieties indicated that this gene could originate from either one or a few varieties.

Lagoons are highly productive areas representing more than 50% of the coastline area in Languedoc-Roussillon (South of France, Mediterranean sea). These lagoons are very different in their environmental conditions, human influences, eutrophication levels and aquaculture intensity. Based on macrophyte communities associated with soft substrates, two indices of taxonomic diversity (the “average taxonomic distinctness” (Δ⁺) and the “variation in taxonomic distinctness” (Λ⁺)) were used to discriminate four of these lagoons (Thau, Salse-Leucate, Bages-Sigean and Mauguio). Bages-Sigean presented a significant higher average taxonomic distinctness (p < 0.05) and Salse-Leucate had a significant higher variation in taxonomic distinctness (p < 0.05) without considering exotic species. The index values were neither influenced by sample size nor by presence of exotic species. Thus, the “average taxonomic distinctness” was related to human activities and eutrophication level whereas the “variation in taxonomic distinctness” was more related the environmental variability, associated with the prime stressor of salinity in brackish coastal lagoons.